工会下设组织宣传部、权益福利部、女工部（计划生育办公室），设25个二级分会，16个文体协会。

多年来，潍坊学院工会在学校党委和上级工会的坚强领导下，坚持以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，认真贯彻全心全意依靠教职工办好学校的方针，充分发挥教育工会“维护、建设、参与、教育”四项基本职能。深入贯彻“以人民为中心，发展全过程人民民主”，紧紧围绕学校工作中心，积极开展各项文体活动和各类公益活动，认真做好职工生活服务等方面的工作，努力为教职工办实事、办好事。全面加强教师职业道德建设，提高教书育人水平，弘扬尊师重教社会风尚，激励、团结、引导广大教职工齐心协力、上下联动，为加快建设优势特色突出的高水平应用型大学作出积极贡献。

近年来，学校工会先后被中国教科文卫体工会全国委员会授予“全国教科文卫体系统先进工会组织”；山东省总工会授予“山东省富民兴鲁劳动奖状”、被山东省高校工委和山东省教育厅授予“民主管理先进单位”、被山东省教育厅、山东省教育工会授予“山东省教育工会先进集体”；潍坊市总工会授予“工会工作先进单位”、“先进职工之家”、“群众工作先进单位”等荣誉称号。